Johann Friedrich Zucker wurde am 2. September 1842 in Breitenau in Mittelfranken geboren. Er studierte Theologie in Erlangen, wurde in Ansbach ordiniert und trat 1869 in das das Leipziger Missionsseminar ein.

Am 8. Juni 1870 wurde er nach Südindien abgeordnet (heute Tamil Nadu). Zur Erlernung der Sprache war er zunächst in Tranquebar (heute Tharangambadi) stationiert. 1872 übernahm er die Zentralschule in Tranquebar. Mit Beginn des Jahres 1873 pflegte er zusätzlich die Gemeinde, gab sie dann aber an Landprediger Samuel ab und behielt nur die Oberaufsicht.

Zucker heiratete am 28. Mai 1874 Marie Kremmer.

Er behielt die Zentralschule bis zu seinem Austritt aus der Mission, um dann eine neue Stellung in der Missourisynode in Williamsburgh/N.Y. anzunehmen. Im April 1876 reiste er aus Indien nach Amerika ab, wo er ab 1879 als Professor am Concordia-College in Fort Wayne, ab 1893 dann als Direktor des Board of Mission der Missourisynode tätig war.

Johann Friedrich Zucker starb am 13. September 1927 in Fort Wayne.