Otto Zacharias wurde am 3. Dezember 1886 in Dresden als Sohn eines Bundespflegers geboren.

Er besuchte zwei Jahre lang die öffentliche Handelslehranstalt der Dresdner Kaufmannschaft. Danach war er in der Expedition und Buchhandlung des Bundes der evangelisch-lutherischen Männer- und Jünglingsvereine im Königreich Sachsen tätig.

Ostern 1905 trat er in das Missionsseminar ein. Er diente als Lehrvikar in Wiedensahl und in Dudensen. Am 15. Oktober 1911 wurde er nach Südindien abgeordnet und dort in Tanjore (heute Thanjavur) stationiert. Er übernahm am 20. Januar 1914 die interimistische Verwaltung von Kumbakonam. Im März 1914 bestand er das 2. tamulische Sprach-Examen und verwaltete von da ab Kumbakonam selbständig.

Ende September 1915, nach Ausbruch des Ersten Weltkrieges, wurde er in Ahmednagar interniert und mit dem Schiff „Golconde“ im Frühjahr 1916 in die Heimat gebracht. Dort kam er am 17. Juni 1916 an.

Er wurde Diakonatsvikar in Treuen im Vogtland. Im Januar 1920 wurde er dann zum Pfarrer in Altensalz gewählt und daraufhin aus dem Dienst der Mission entlassen. Später war er Pfarrer in Leipzig- Leutzsch in der St. Laurentius-Gemeinde.

Otto Zacharias starb am 4. Juli 1950 nach einer schweren Krankheit in Leipzig.