1959 in Essen geboren, wuchs Michael Hanfstängl im Ruhrgebiet auf. Von Kindheit an erlebte er die Kirche als Ort der Hoffnung, der Gemeinschaft und des Engagements.

Nach dem Studium der Philosophie und Theologie in München und Frankfurt/M. wurde er 1987 ordiniert. Es folgten einige Jahre in der kirchlichen Jugendarbeit und ein Aufbau-Studium in Volkswirtschaftslehre.

Die Tätigkeit seiner Frau Eva beim Evangelischen Missionswerk (EMW) führte ihn in die Nordelbische Kirche nach Hamburg. Seit 1991 arbeitet er als Pastor und Referent im Nordelbischen Missionszentrum (NMZ) in Hamburg mit, zunächst im Referat „Kirchlicher Weltdienst" mit Besuchen in Papua-Neuguinea und Brasilien und ab Sommer 1994 als Afrika-Referent. In den ersten drei Jahren im NMZ lag sein Schwerpunkt in der Themensynode „Weltwirtschaft und Gerechtigkeit", die entscheidend zur Gründung der Kampagne „Erlassjahr 2000" zugunsten eines Schuldenerlasses für die ärmsten Länder beigetragen hat.

Hanfstängl reiste viele Male dienstlich unter anderem nach Tansania, wo er Versöhnungsarbeit (Vergebung für Taten aus der deutschen Kolonialzeit; siehe Maji-Maji-Aufstand 1905) leistete. Durch Vergebung und Vertrauen war es ihm möglich, neue Brücken der Verständigung zu bauen.

Mit den Worten „Gottes Mission ist größer als die Kirche. Sein Geist ist am Werk, wenn Menschen einander helfen“, trat Michael Hanfstängl im Januar 2005 seinen Posten als zehnter Direktor des Leipziger Missionswerkes an.

Während seiner fast sechsjährigen Dienstzeit im LMW lagen ihm insbesondere die Kontakte des Missionswerkes und der drei Trägerkirchen, der Evangelischen Kirche in Mitteldeutschland, der Ev.-Luth. Landeskirche Mecklenburgs und der Ev.-Luth. Landeskirche Sachsens, zu den Partnerkirchen in Tansania, Papua-Neuguinea und Indien am Herzen. Er initiierte das Programm „Mission to the North“, das Missionare aus den Partnerkirchen zu gemeinsamen Einsätzen in den Trägerkirchen des Missionswerkes nach Deutschland holt.

Hanfstängl arbeitete auch als internationaler Berater beim Lutherischen Weltbund. Diese weltweiten Bemühungen drückten sich unter anderem darin aus, dass er 2006 mit dem Ehrendoktor der "Akademie für ökumenische indische Theologie und Kirchenverwaltung" in Chennai ausgezeichnet wurde.