Berta Hübener wurde am 22. Februar 1887 in Belitz, Mecklenburg geboren. Ihr Vater war Propst.

Sie bestand im Mai 1906 in Schwerin das Lehrerinnenexamen für Volks-, Bürger- und höhere Mädchenschulen und war daraufhin als Hauslehrerin tätig.

Im Februar 1912 meldete sie sich für den Missionsdienst und weilte zunächst einige Zeit in England bevor sie im Mai 1912 nach Leipzig kam. Am 7. Juli 1912 erhielt sie ihre Vokation.

Sie landete am 5. Oktober 1912 in Colombo und wurde in Coimbatore stationiert. Hübener bestand am 14. Oktober 1913 ihr erstes tamulisches Examen. Sie musste sich im Sommer 1914 in Madras (heute Chennai) einer Blinddarmoperation unterziehen und im November 1915 mit dem Schiff „Golconde“ Indien verlassen.

Am 14. Januar 1916 kam sie in Leipzig an und war dort als Lehrerin tätig. Von Herbst 1925 bis Herbst 1926 war sie als Berufsarbeiterin im Werbedienst für die Mission.

Am 24. Oktober 1926 wurde sie erneut nach Indien verabschiedet. Sie landete am 15. November 1926 in Colombo und wurde in Porayar, später in Mayavaram (heute Mayiladuthurai) stationiert. 1936 ist sie zur Visitatorin des Schulwesens auf dem nördlichen Feld ernannt worden.

Berta Hübener verstarb am 10. Dezember 1948 in Hamburg.