Seit Frühjahr 2006 befindet sich der überwiegende Teil des Archivbestandes als Dauerleihgabe in den Franckeschen Stiftungen in Halle.

Nach Halle gegeben wurden die Bestände des Archivs, die vor der Umwandlung der Leipziger Mission in das Evangelisch-Lutherische Missionswerk Leipzig e.V. am 1. Juli 1993 entstanden sind. Es sind dies unter anderem die Personalakten der verstorbenen Missionarinnen und Missionare, Missionslehrerinnen sowie Krankenschwestern der Leipziger Mission - einschließlich der ausführlichen Dokumentation ihrer Arbeit (ca. 100 lfd. Meter). Personalakten noch lebender Missionare sowie eine Handbibliothek für die Mitarbeitenden verbleiben in Leipzig.

Im Bereich der Archivalien, die den ersten lutherischen Missionar Bartholomäus Ziegenbalg betreffen, sind die vorhandenen Archive des Missionswerkes und der Franckeschen Stiftungen komplementär. Ziegenbalg kam 1706 im Auftrag der Dänisch-Halleschen Mission ins südindische Tranquebar (Tamil Nadu). Da die Leipziger Mission die Arbeit der Dänisch-Halleschen Mission 1847 vertraglich übernommen hat, bauen die Indien-Archive aufeinander auf. Darunter sind Briefe aus Kopenhagen und London aus dem 17. Jahrhundert.

Mitte der 1990er Jahre war es einem Konsortium aus Mitarbeitenden des Leipziger Missionswerkes, des Landeskirchliches Archivs Nürnberg, des Archivs der Brüderunität Herrnhut sowie den Instituten für Afrikanistik der Universitäten Leipzig (Prof. Dr. Adam Jones) und Bayreuth (Prof. Dr. Gudrun Miehe) gelungen, einen erfolgreichen Finanzierungsantrag für die Erfassung der Afrikaarchivalien bei der Volkswagen-Stiftung zu stellen. Wertvolle Hinweise kamen auch von Seiten der Franckeschen Stiftungen in Halle durch deren Direktor Dr. Thomas Müller-Bahlke.

In fast vierjähriger Arbeit gelang es, eine Übersicht über den Bestand des Archivs zu erarbeiten, die Ostafrikamaterialien zu erfassen und teilweise zu erschließen. Das Material des Archivs im tansanischen Moshi wurde ebenfalls gesichtet. Es entstanden Findbücher und ein Führer zum Archiv. In Zusammenarbeit mit Prof. Dr. Walter Beltz von der Universität Halle, Institut für Orientalistik, konnten Archivalien aus dem Bereich des Vorderen Orients verfilmt werden. Außerdem wurde in Kooperation mit den Franckeschen Stiftungen, der Karl-Graul-Gesellschaft und der Deutschen Forschungsgemeinschaft das sogenannte „Tranquebar-Archiv“ mit etwa 10.000 Blatt verfilmt und verschiedene Blätter restauriert.