Eugen Matthey wurde am 17. April 1860 zu Libau in Kurland geboren. Er besuchte das Gymnasium zu Petersburg und trat 1879 in das Missionsseminar ein.

Am 3. Mai 1885 wurde er in Petersburg ordiniert und am 27. Mai 1885 nach Indien abgeordnet. Dort arbeitete er zuerst bei Missionar Handmann in Madras (heute Chennai). Im Juli 1887 kam er nach Chidambaram.

Er heiratete am 18. Oktober 1888 in Cuddalore Bertha von Sievers aus Reval.

Im Frühjahr 1895 musste Matthey krankheitshalber in die Heimat zurückreisen und erhielt Anfang 1896 seine Entlassung aus dem Missionsdienst. Er trat 1897 als Sekretär im Auswärtigen Amt in St. Petersburg in den russischen Staatsdienst.

Missionar Matthey starb am 4. Februar 1909 nach langjährigem schweren Leiden.