Fontius reiste nach seinem Studium und Vikariat im Februar 1959 nach Neuguinea aus. Dabei bewährte er sich in dem vom Cargo-Kult dominierten Gemeindebezirk Kalasa als Missionar in einer schwierigen Situation. Von 1966 bis 1969 war er Dozent am Seminar Logaweng.

1969 kehrte er mit seiner Familie nach Deutschland zurück, promovierte in Erlangen zum Dr. theol. und war dann schließlich Pastor in Niendorf an der Stecknitz und Vorsitzender des Neuguinea-Ausschusses beim Nordelbischen Missionszentrum.

Am 8. Oktober 2008 verstarb in Mölln Pastor i.R. Dr. Hanfried Fontius im Alter von 75 Jahren.