Heinrich Pfitzinger wurde am 8. Februar 1868 in Oberkutzenhausen im Elsass als Sohn eines Landwirts geboren. Pfitzinger erlernte selbst ebenfalls die Landwirtschaft.

Ein erster Gedanke an das Missionsfeld kam ihm, als er im Alter von 19 Jahren die Lebensbeschreibung eines Basler Missionars las.

Er trat 1889 in das Leipziger Missionsseminar ein, bestand am 28. März 1895 das Abgangsexamen und wurde am 5. Juni 1895 in die Kambamission nach Ostafrika (heute Kenia) abgeordnet.

Pfitzinger trat Missionar Hofmann in Mbungu zur Seite und bekam im Juli 1896, bei Hofmanns Versetzung nach Ikutha, Missionar Kämpf als Mitarbeiter. Nach dessen Tod blieb er allein und zog 1899 nach Jimba. Er verheiratete sich am 28. Juli 1899 mit Sophie Bauer aus Steinthal im Elsass.

Im Jahr 1900 baute er Varoo als Missionsstation von Jimba auf. Bei der Aufgabe von Jimba und Varoo im Februar 1906 wurde er nach Myambani (heute Kenia) versetzt.

Nach Ausbruch des Ersten Weltkrieges 1914 kam er mit Frau und drei Kindern in englische Kriegsgefangenschaft. Pfitzinger kehrte im Sommer 1916 nach Deutschland zurück.

Er wurde 1922 von der Augustana-Synode wieder zur Missionsarbeit in Deutschostafrika berufen, da es ihm als Elsässer erlaubt war auszureisen. Gemeinsam mit seiner Frau kam er 1923 nach Schigatini (heute Tansania) und arbeitete dort zwei Jahre lang.

Heinrich Pfitzinger verstarb dort am 28. Januar 1925.