Johannes Hohenberger wurde am 22. Januar 1899 in Grubenberg, Oberfranken geboren. Sein Vater war Landwirt und auch er war zunächst in der Landwirtschaft tätig.

Später wurde er Lehrvikar und absolvierte einen medizinischen Kurs in Tübingen sowie einen englischen Sprachkurs in England. Er war einer der Teilnehmer des ersten Lehrgangs im Leipziger Missionshaus nach dem Ersten Weltkrieg.

1926 wurde er ordiniert und nach Tanganyika (heute Tansania) abgeordnet und in Schigatini (heute Shigatini) in den Pare-Bergen stationiert. Zuerst lernte er Suaheli und zwei weitere Regionalsprachen.

1930 kam er nach Aruscha (heute Arusha), von wo aus er 200 km entfernt die erste Missionsstation in der Massai-Steppe gründete. Später baute er unter großen Mühen noch eine Station in Naverera auf, mit einer kleinen Kirche, einer Schule, einem einfachem Wohnhaus und einem Hospital.

Nach Ausbruch des Zweiten Weltkriegs wurde er 1940 in Südafrika interniert und kehrte erst 1947 nach Deutschland zurück, wo er als Pfarrer in Sachsenmühle und Herrenneuses arbeitete. 1960 verheiratete er sich mit Hildegard Stichnote.

Von 1967 bis 1970 ging er noch einmal nach Afrika, um aufgrund seiner hervorragenden Sprachkenntnisse bei Bibelübersetzungen zu helfen.

Johannes Hohenberger verstarb am 25. Februar 1983 im Alter von 84 Jahren.