Johannes Sandegren wurde am 20. November 1883 in Madura (heute Madurai) in Indien als dritter Sohn von Missionar Carl Jacob Sandegren geboren. Seine Geschwister Karl, Hermann, Paul und Ebba waren später ebenfalls in der Mission tätig.

Er studierte Theologie und Philosophie in Deutschland und in Schweden und war zunächst im Pfarrdienst tätig.

Am 29. September 1907 wurde er nach Südindien abgeordnet und widmete sich von 1907 bis 1909 der Erlernung der Sprache Tamil. Dann war er 1907 in Virudupati (heute Virudhunagar), 1908 in Tiruchuli, 1912 in Virudupati, 1913 in Madura und anderen Stationen tätig.

Er heiratete am 20. Juni 1913 Ingrid Ahlstrand und leitete danach mehrere Missionsstationen.

1920 wurde er Direktor des Seminars in Madura. Er war von 1924 bis 1926 in Madura, 1926 als Vorsteher des Predigerkursus in Madras (heute Chennai) am Gurukul-College, 1927 Vorsteher des theologischen Kollegs, 1929 Vorsteher der Station Madura und übernahm 1930 schließlich Arasaradi-Madura.

In Deutschland wurde er 1932 Ehrendoktor der Theologie zu Rostock.

Nachdem er 1933 nach Indien zurückgekehrt war, wurde er noch im gleichen Jahr am 4. April Bischof der tamulischen evangelisch-lutherischen Kirche (TELC). Dieses Amt hatte er bis 1956 inne. Im Ruhestand war er noch eine kurze Zeit als Dozent tätig.

Johannes Sandegren verstarb am 15. November 1962 in Uppsala.