Johannes Wagner wurde am 27. September 1908 in Wollmar, Kreis Marburg an der Lahn, geboren. Sein Vater war Landwirt und Schreinermeister. Auch er selbst erlernte das Schreinerhandwerk und die Landwirtschaft.

Ostern 1928 trat er in das Leipziger Missionsseminar ein. Von Mai 1934 an war er ein Jahr lang in Blankenheim in Thüringen. Am 12. Juni 1935 wurde er nach Indien abgeordnet. Dort war er in Tranquebar (heute Tharangambadi) stationiert. Im Juni 1937 siedelte er nach Kumbakonam über.

Er heiratete am 13. November 1938 in Mayavaram (heute Mayiladuthurai) Rosemarie Wossidlo, die von 1934 bis 1938 als Missionsschwester für die Leipziger Mission in Indien gewirkte hatte.

Wagner hat unzählige Spuren hinterlassen: in seinen Gemeinden, in der Mission, im CVJM, in der Diakonie, im Bruderkreis für Gemeindeaufbau, in Notstandsgebieten, im Bau einer Kirche in Indien, einer Kapelle in Ahrbergen, des Nachbarschaftsheims am Pferdeanger, in der Anregung zum Bau des Marthaheims, des Altersheims in Ochtersum, beim Erwerb des Weinberghauses für die Leipziger Mission und er setzte sich für die Sinti und Roma in seiner Heimatstadt ein. Zeitlebens blieb er auch privat als Gärtner und Imker immer der Landwirtschaft verbunden.

Johannes Wagner starb am 1. Juni 1989 an einem Herzinfarkt.