Johannes Weinert kam am 18. Juli 1911 in Sagan, Schlesien, als Sohn eines Schlossers zur Welt. Er kam aus der Breslauer Freikirche und schon früh war in ihm der Wunsch lebendig, als Missionar zu den Völkern zu gehen.

Mit 17 Jahren trat er 1928 in das Missionsseminar in Leipzig ein. Nach dem Abschluss 1934 war er Vikar in Dömitz in Mecklenburg und wurde dort am 1. Juli 1934 ordiniert. Danach wirkte er bis Herbst 1935 in Bad Doberan.

Am 10. November 1935 wurde er nach Südindien abgeordnet und in Shiyali (heute Sirkazhi) stationiert. Er heiratete Anna Härtel, kurz nachdem sie am 28. Februar 1938 in Colombo eingetroffen war. Im Juni 1938 legte er das Zweite Tamilische Sprachexamen ab und übernahm schließlich das Pastorat Manelmödu.

Nach langer Internierung in Indien kehrte er im November 1946 heim. 1947 wurde er Pfarrer zunächst in Duisburg, dann in Fürstenwalde/Spree bei der Evangelisch-lutherischen Kirche Altpreußens (Freikirche).

1953 wurde er von der Bleckmarer Mission nach Südafrika abgeordnet, um sich um die dort lebenden Inder zu kümmern. Dort wirkte er bis zu seinem Ruhestand 1980. In Durban/Südafrika ist Johannes Weinert am 17. September 1987 gestorben und wurde am 23. September auf dem Friedhof in Uelzen zur letzten Ruhe gebettet.