Lothar Haupt wurde am 21. September 1909 in Graudenz als Sohn eines Lagerverwalters geboren. Er kam mit seinen Eltern 1920 nach Braunschweig, wo er in der Knaben-Mittelschule das Zeugnis der Mittleren Reife erlangte.

Haupt war ein Jahr lang in der Anstalt der Inneren Mission in Neuerkerode bei Braunschweig tätig, trat Ostern 1928 in das Missionsseminar ein und bestand Ostern 1934 die Abschlussprüfung. Bis Oktober 1935 war er Hilfsgeistlicher in Dresden-Gruna. Er wurde dort am 14. Juli 1935 ordiniert und nahm im August 1935 an einem Tropenkursus in Tübingen teil.

Am 10. November 1935 wurde er nach Indien abgeordnet und in Trichinopoly (heute Tiruchirapalli) stationiert. Im Februar 1938 bestand er das Zweite Tamilische Sprachexamen in Tranquebar (heute Tharangambadi) und leitete dann dort die Knabenschule.

Er heiratete am 28. Februar 1938 Margarete Gottschalk in Colombo.

Später trat er in den sächsischen Kirchendienst und übernahm 1939 das Pfarramt Schönheide im Erzgebirge. Im Juni 1957 wurde er zum Pfarramtsleiter der Philippuskirche in Leipzig-Lindenau gewählt.

Lothar Haupt verstarb am 21. März 1983 in Quesitz bei Leipzig.