Paul Fokken wurde am 17. Oktober 1911 in Aruscha (heute Arusha) als Sohn des Missionars Hermann Fokken geboren.

Bis zum Erreichen der Primareife besuchte er das Gymnasium in Marburg an der Lahn. Anschließend arbeitete er ein Jahr lang in der Anstalt der Inneren Mission Hephata bei Treysa im Bezirk Kassel, in der Psychatrie sowie auch im dortigen öffentlichen Krankenhaus.

Ostern 1930 trat er in das Leipziger Missionsseminar ein und war bis Oktober 1935 Vikar seines Vaters. Er nahm im August 1935 an dem Tropenkursus in Tübingen teil und wurde daran anschließend am 10. November 1935 nach Ostafrika (heute Tansania) abgeordnet. Dort war er bis 1939 in Madschame (heute Machame) und Mwika stationiert (im Kilimandscharo-Gebiet). Zuletzt wirkte er in Marangu. Er heiratete im März 1938 in Alt-Moschi (Old Moshi, heute Kidia) Magdalene Dehn.

1940 kehrte er nach Deutschland zurück. Wegen einer Erkrankung des Kindes musste er mit seiner Familie einige Zeit in Triest bleiben. In diesem Jahr war er für kurze Zeit als Aushilfspfarrer in Botzendorf tätig, wurde jedoch nach Ausbruch des Zweiten Weltkrieges zum Wehrdienst eingezogen.

Ab 1946 war er (Aushilfs-)Pfarrer in Münchhausen und erwarb sich 1949 sein Zweites Theologisches Examen.