Rudolf Rother wurde am 30. April 1905 in Madschame (heute Machame), Ostafrika, als Sohn des Missionars Paul Rother geboren. Seine Schwester Charlotte kam ein Jahr später zur Welt.

Er kam 1912 nach Deutschland und studierte in Leipzig bis 1925 Germanistik und Geschichte, dann von 1925-29 Theologie. Im Jahr 1930 nahm er an einem Englischkurs teil.

Rother wurde am 16. November 1930 nach Ostafrika (heute Tansania) abgeordnet und zur Arbeit am Seminar in Marangu stationiert, wo er zunächst die Landessprache Swahili lernte. Danach wurde er zur Steppenarbeit von Neu-Moschi (heute Moshi) und der Umgebung von Marangu aus eingeteilt.

Ende Dezember 1932 wurde er in Aruscha (heute Arusha) stationiert, wo er 1934 Erna Rambow heiratete. Rother wurde dann Stationsvorsteher in Madschame (heute Machame), später verlegte er seinen Wohnsitz nach Neu-Moschi.

Wegen Ausbruch des Zweiten Weltkriegs konnte er nach einem Heimaturlaub im März 1939 nicht wieder ausreisen und trat ab Dezember 1939 in den Dienst der sächsischen Landeskirche.

Nach dem Heeresdienst von 1941-45 übernahm er wieder seine Pfarrstelle in Breunsdorf (Borna). Dann war er in Leubsdorf (Flöha) und ab 1959 in Leipzig-Großzschocher tätig. Insgesamt war er noch 30 Jahre im Dienst und verbrachte seinen Ruhestand dann größtenteils in Karlsruhe.

Ende 1997 kehrte Rudolf Rother zu seinen Kindern nach Leipzig zurück, wo er am 9. August 1999 im Alter von 94 Jahren verstarb.