Wihelm Hilgner kam am 24. Januar 1873 in Malkwitz, Kreis Breslau, als Sohn eines Zimmermanns zur Welt.

Nachdem er zehn Jahre lang als herrschaftlicher Diener tätig gewesen war, trat er Ostern 1897 in das Leipziger Missionsseminar ein. Er bestand Ostern 1903 das Abgangsexamen und wurde am 31. Mai 1903 in Leipzig ordiniert.

Hilgner wurde am 3. Juni 1903 in die Kambamission nach Britisch-Ostafrika (heute Kenia) abgeordnet, wo er Missionar Brutzer in Jimba zur Seite stand. Er siedelte Mitte Mai 1904 nach Myambani über und wurde Mitte September 1904 nach Mulango versetzt. Im folgenden Jahr verheiratete er sich in Mombasa mit Susanne Köhler.

Nach Divergenzen mit Kollegen vor Ort wurde er im Sommer 1908 vom Missionskollegium abberufen und schied aus dem Missionsdienst aus.

Es konnte kein Todesdatum ermittelt werden.