Am 7. Januar 1884 wurde Alfred Hoyer in Stockelsdorf bei Lübeck als drittes Kind des dortigen Pastors geboren. Er besuchte von 1891 bis 1900 das Katharineum zu Lübeck und trat Ostern 1900 in das Leipziger Missionsseminar ein.

Im Januar 1905 bestand er sein Examen und wurde Lehrvikar bei Pfarrer Braun in Oberaltertheim bei Würzburg. Seine Ordination fand am 30. September 1906 in Rensefeld bei Lübeck in der Kirche seines Vaters statt.

Am 21. Oktober 1906 wurde er abgeordnet und war zunächst ein paar Monate in Cambridge, um Englisch zu lernen. Er landete am 4. Februar 1907 in Tuticorin (heute Thoothukudi) in Indien und ging dann nach Mayavaram (heute Mayiladuthurai).

1908 verließ er den Missionsdienst und Indien, um einen anderen Beruf zu ergreifen, „... da er sich nicht für gefestigt genug halte, um das geistige Amt zumal in dem heißen Indien zu führen.“

Am 22. März 1918 ist Alfred Hoyer im Krieg gefallen.