Ernst Brutzer wurde am 22. November 1873 in Riga geboren.

Er studierte von 1892 bis 1896 Theologie in Dorpat und wirkte bis Herbst 1900 als Hilfsprediger.

Am 21. Oktober 1900 wurde er in die Kambamission (heute Kenia) abgeordnet, trat aber 1905 in die Tamulenmission über und ging nach Indien. Dort übernahm er die Station Cuddalore und wurde 1909 nach Madras (heute Chennai) versetzt.

Er heiratete am 9. Oktober 1909 Wilhelmine Kügler aus Roop.

Im November 1910 übernahm er auch das Distriktsseniorat über Hinterindien. Am 1. Januar 1912 wurde er Mitglied des Kirchenrats, musste jedoch 1916 auf Verlangen der indischen Regierung aus dem Kirchenrat ausscheiden. Brutzer blieb aber bis September 1919 in Madras.

Im November 1919 gelangte er über London nach Leipzig. Hier trat er im Frühjahr 1920 in den braunschweigischen Kirchendienst ein und wurde Pastor in Warberg bei Helmstedt.

Ernst Brutzer starb am 23. Februar 1940 in Braunschweig.