Geboren wurde Friedrich Hübener am 8. Juni 1881 in Belitz in Mecklenburg. Er studierte Theologie in Erlangen, Rostock und Berlin und bestand Ostern 1903 das Erste und Ostern 1906 das Zweite Theologische Examen.

Von Michaelis 1905 an war er ein halbes Jahr im Missionshaus zu Leipzig, um sich für den Missionsdienst vorzubereiten. Hübener wurde am 20. Mai 1906 in Belitz ordiniert.

Am 6. Juni 1906 wurde er nach Indien abgeordnet, erkrankte aber in Cambridge, wohin er gegangen war, um Englisch zu lernen, und musste heimkehren. Er kam Januar 1907 nach Leipzig zur Fortsetzung seiner Studien, eine erneute Erkrankung machte seine Aussendung aber am Ende unmöglich.

Es konnte kein Todesdatum ermittelt werden.