Hilko Wiardo Schomerus wurde am 7. Januar 1879 in Marienhafe in Ostfriesland als Sohn eines Sanitätsrats und jüngerer Bruder von Rudolf Schomerus geboren. Er trat Ostern 1897 in das Leipziger Missionsseminar ein und wurde am 21. Mai 1902 in der Leipziger Thomaskirche nach Südindien abgeordnet.

Zunächst wurde er in Cuddalore stationiert, ab 1903 in Villupuram und später in Tanjore (heute Thanjavur). Ende Januar 1905 übernahm er die Station Erode. Im April 1912 wurde er von der Arbeit freigestellt, um weitere Studien betreiben zu können. 1913 erhielt er von der Theologischen Fakultät der Universität Kiel den Titel eines Lizenziaten (Lic. Theol.) aufgrund seines Werkes über den Çaiva-Siddhanta.

Nach dem Ersten Weltkrieg 1918 studierte und arbeitete er an der Universität Kiel. Er war Assistent des Religionswissenschaftlers Nathan Söderblom in Leipzig und wurde im Frühjahr 1923 in Breslau ehrenhalber promoviert. Am 1. April 1926 schließlich wurde er an den Lehrstuhl für Missionswissenschaft und Religionsgeschichte nach Halle/Saale berufen.

Er verfügte über hervorragende Sprachkenntnisse (besonders des Tamil). Sein Hauptaugenmerk galt vergleichenden Studien zu Hinduismus und Christentum auf Grundlage der Quellentexte.

Dr. theol. h.c. Hilko Wiardo Schomerus starb am 19. November 1945 in Halle/Saale.