Johannes Andreas Mayr wurde am 20. Mai 1838 in Regensburg als Sohn eines Kupferstechers geboren. Er trat als Kandidat der Theologie ins Missionsseminar ein und wurde am 22. Mai 1861 abgeordnet.

Im Februar 1862 nahm Mayr an der Synode in Tranquebar (heute Tharangambadi) teil. Er erhielt im Juni 1862 Cuddalore zu einstweiliger Pflege. Dann wurde er zweiter Missionar in Madras (heute Chennai). Er übernahm im Dezember 1863 Coimbatore, arbeitete in Negapatam (heute Nagapattinam) und Tanjore (heute Thanjavur).

Am 24. Februar 1869 heiratete er in Madras Louise Richter, die er bereits am 28. Oktober 1869 in Negapatam durch Cholera verlor.

Mayr kam im Mai 1870 in Heimaturlaub. Am 6. September 1870 heiratete er Charlotte Richter, die Schwester seiner verstorbenen Frau.

Nach Indien zurückgekehrt, übernahm er im Dezember 1870 Mayavaram (heute Mayiladuthurai). 1872 trat er in die Municipalität in Mayavaram ein. Mayr übernahm im April 1876 Trichinopoly (heute Tiruchirapalli).

Von März bis Mai 1877 besuchte er Hinterindien. Im März 1878 siedelte er nach Rangoon (Burma) über. Er kehrte im Mai 1886 nach Vorderindien zurück und übernahm im Juni Wiruttasalam. Später verwaltete er auch Cuddalore mit.

Im Frühjahr 1889 kehrte er nach Deutschland zurück und übernahm ein Pfarramt in Bayern.

Johannes Andreas Mayr starb am 19. März 1896 als Pfarrer in Zirndorf.