Karl Heller wurde am 26. Dezember 1885 in Leisnig als Sohn eines Kaufmanns geboren. Er war von 1907 bis 1908 Lehrvikar in Oberaltertheim in Unterfranken.

Am 10. Juni 1908 wurde er nach Südindien (heute Tamil Nadu) abgeordnet und in Cuddalore stationiert. Heller wurde im Frühjahr 1911 mit der Leitung der Industrieschule in Erukatantscheri beauftragt, ab Herbst 1912 leitete er die Station Chidambaram.

Nach Ausbruch des Ersten Weltkrieges wurde er Anfang Januar 1916 in Ahmednagar interniert. Im Frühjahr 1916 kehrte er nach Deutschland zurück und war als Pfarrvikar in Zwota, ab 1920 als Pfarrer tätig.

1927 reiste er erneut nach Indien und übernahm die Station Pandur. Dort kümmerte er sich um die landwirtschaftliche Verselbstständigung kastenloser Kleinpächter, baute Brunnen und ein kleines Hospital. Eine große Hilfe war ihm immer seine Frau Selma.

1936 wurde er nach Tranquebar (heute Tharangambadi) versetzt und zum Mitglied der Schulkommission ernannt. Er übernahm Anfang Februar 1937 den Posten des Rechnungsführers in der indischen Mission. Nach der Internierung während des Zweiten Weltkriegs nahm er seine Arbeit wieder auf. 

1955 kehrte er endgültig nach Deutschland zurück, wo er in Bayern noch im Reise- und Vortragsdienst tätig war.

Karl Heller verstarb am 6. September 1966 im Feierabendhaus der Rummelsberger Anstalten.