Otto Hauptmann kam am 14. April 1887 in Dürrhennersdorf bei Löbau in Sachsen als Sohn eines Handwebers zur Welt. Aufgrund des frühen Todes seiner Mutter wurde er von der Großmutter und einer Tante erzogen.

Der Konfirmationsunterricht ließ in ihm den Entschluss reifen, Missionar zu werden. Nach seiner Konfirmation arbeitete er jedoch zunächst in der Landwirtschaft, um zum Unterhalt der Familie beitragen zu können. Dann meldete er sich bei der Diakonenanstalt in Moritzburg an, von wo aus er als Krankenpfleger in das Dresdner Diakonenhaus geschickt wurde.

Ostern 1905 trat er in das Leipziger Missionsseminar ein. Er wurde am 4. Juni 1911 in Leipzig ordiniert und am 7. Juni 1911 nach Ostafrika (heute Tansania) abgeordnet. Dort war er zunächst in Gonja stationiert und wurde im Juni 1913 nach Schigatini (heute Shigatini) versetzt.

Hauptmann verheiratete sich am 4. Juli 1913 mit Ruth Dumont aus Leipzig. Im Oktober 1913 gründete er die Station Usangi.

Seine Rückkehr nach Deutschland erfolgte im Juni 1919. Am 9. Dezember 1919 wurde er Pfarrvikar in Untersachsenberg-Georgenthal und, nach bestandenem Zweiten Examen, am 12. Juni 1921 Pfarrer daselbst. Somit schied er aus dem Missionsdienst aus.

Otto Hauptmann verstarb am 16. Juni 1926 im Alter von 39 Jahren in Sachsenberg-Georgenthal.