Theodor Ahrens wurde 1940 als Sohn des Missionars und späteren Direktor der Breklumer Mission, Walter Ahrens, in Koraput, Orissa, Indien geboren. Nach der Schulzeit in Schleswig-Holstein studeirte er Theologie in Heidelberg, Tübingen, Göttingen, Kiel und Hamburg. Nach seiner Ordination 1969 in Lübeck wurde Ahrens im selben Jahr an der Evangelisch-theologischen Fakultät Hamburg für seine Arbeit über Die ökumenische Diskussion kosmischer Christologie seit 1961 promoviert. Danach war er Studienleiter und Tutor an der Missionsakademie der Universität Hamburg tätig.

1971 reiste er als Missionar der Leipziger Mission nach Papua-Neuguinea aus. In Bongu an der Astrolabe Bay arbeitete er als Pfarrer und betrieb ethnologisch ausgerichtete Feldforschung. 1978 kehrte er mit seiner Familie nach Deutschland zurück. Unter anderem begründete er das „Melanesian Institute for Pastoral and Socio-Economic Service“ mit. Zeitlebens brachte er die dabei gesammelten Erfahrungen in seine Arbeit ein.

Nach seiner Rückkehr 1978 wurde er zunächst Indienreferent und später Referent für Grundsatzfragen und Beziehungen der Nordelbischen Kirche
nach Ostasien/Ozeanien im Nordelbischen Missionszentrum in Hamburg.
Er war im Rahmen von Studienreisen, Lehrtätigkeiten und Forschungsaufenthalten in Ozeanien, China, Indien, Korea, Brasilien und Kamerun und ist der
Urheber mehrerer Veröffentlichungen. Erst im Juni erschien sein letzter Aufsatzband: „Einwürfe. Missionswissenschaftliche Studien“. Publikationen aus der
weltweiten christlichen Ökumene verfolgte er mit großem Interesse und Scharfsinn. Seine Impulse und Kommentare waren in ihrer Klarheit äußerst geschätzt.

Von 1987 bis 2005 war er Professor für Missionswissenschaft und ökumenische Beziehungen der Kirchen am Fachbereich Evangelische Theologie in Hamburg. Er war zudem Vorsitzender des Vorstands der Missionsakademie und Mitglied in zahlreichen Gremien wie dem Evangelischen Missionswerk in Deutschland. Darüber hinaus war er bis 2003 missionstheologischer Berater des Evangelischen Missionswerks und gehörte lange Jahre dessen Theologischer Kommission. Er war in Ausschüssen des Zentrums für Mission und Ökumene in Hamburg engagiert, sowie Mitglied im Lenkungsausschuss von „African Theological Training in Germany“ (ATTiG). Allen im Pazifik und in Indien tätigen Missionswerken war er ein treuer Begleiter und kompetenter Ratgeber.

Er war im Rahmen von Studienreisen, Lehrtätigkeiten oder Forschungsaufenthalten in Ozeanien, China, Indien, Korea, Brasilien und Kamerun und ist der Urheber mehrerer Veröffentlichungen.

Prof. em. Dr. Theodor Ahrens verstarb am 16. September 2015 im Alter von 75 Jahren in Hamburg.