Emil Müller wurde am 25. Oktober 1868 in Zschopau im Erzgebirge als Sohn eines Webers geboren.

Er war Schreiber und trat Ostern 1887 in das Missionsseminar ein. Am 21. Dezember 1892 bestand er die dortige Abgangsprüfung und bereitete sich dann, unter anderem durch das Erlernen der Bäckerei, noch weiter auf seinen Beruf in Ostafrika vor.

Zu Pfingsten, am 24. Mai 1893 wurde er in Leipzig nach Ostafrika abgeordnet. Müller erreichte Madschame (heute Machame) am 5. Oktober 1893 und gehörte zusammen mit Päsler, Althaus, Fassmann und Böhme zu den Begründern der Missionsarbeit in Deutschostafrika.

1910 wurde er stellvertretender Vorsitzender des Missionsrates und blieb auch während des Krieges vor Ort. 1920 wurde er zwangsweise in die Heimat gebracht.

Er kam am 23. November 1920 in Leipzig an und übernahm am 21. Juli 1921 vikarisch das Pfarramt Oberschlema. 1922 wurde er zweiter Pfarrer in Penig, dann Pfarrer in Königsfeld 1923 und 1927 Mitglied des Missionskollegiums.

Von 1931 bis 1933 ging er noch einmal nach Madschame in Ostafrika zurück. Danach übernahm er wieder sein Pfarramt in Königsfeld und die Arbeit im Missionskollegium.

Am 3. Juni 1940 verstarb er in Nadelwitz bei Bautzen. 

Sein Lebenswerk, das „Wörterbuch der Djagga-Sprache“, wurde 1947 veröffentlicht. Djagga (heute Chagga) ist eine Bantusprache, deren Sprecher südwestlich des Kilimandscharos in der Gegend um Machame angesiedelt sind.