Hermann Fokken wurde am 23. Januar 1881 in Emden geboren. Dort besuchte der Sohn eines Abfuhrunternehmers das Gymnasium. Sein Bruder ist Albert Fokken.

Ostern 1898 trat er in das Leipziger Missionsseminar ein. Er lernte Suaheli und Englisch und reiste für vier Wochen zu Pastor Meinhof nach Zizow, um in die vergleichende Sprachwissenschaft der Bantusprachen eingeführt zu werden.

Am 11. Mai 1902 wurde er in Aurich ordiniert und am 21. Mai 1902 in die Dschaggamission nach Deutschostafrika (heute Tansania) abgeordnet. Dort war er in Schira (heute Shira) stationiert und gründete am 20. Juni 1904 mit dem Missionsgehilfen Karl Luckin die Station Aruscha (heute Arusha).

Fokken verheiratete sich am 6. November 1905 in Mombasa mit Meta Augustiny. Er übernahm im März 1910 vertretungsweise die Station Nkoaranga, siedelte im September 1911 jedoch wieder nach Aruscha über. Im Jahr 1912 veröffentlichte Fokken eine Lesefiebel in der Massaisprache.

Während des ersten Weltkrieges übernahm er den vikarischen Pfarrdienst in Marburg (Lahn). Als 1918 seine Frau starb, wurde die Diakonisse Gesine Sammy gebeten, die Haushaltsführung zu übernehmen. Fokken und Sammy heirateten am 4. Dezember 1919.

Das Ehepaar wirkte im Pfarramt Münchhausen und in Amönau. Nach einem Unfall seiner Frau zog das Ehepaar in das Altersheim in Wetter.

Hermann Fokken verstarb am 8. Mai 1972 im Alter von 91 Jahren in Münchhausen.