Paul Rother wurde am 8. Januar 1878 in Burkhardsdorf bei Chemnitz geboren.

Sein Vater war Weber und später als Kaufmann tätig. Durch ihn wurde Rother schon früh mit der Mission vertraut gemacht.

Rother besuchte von Ostern 1892 bis 1895 die Präparandenanstalt in Neuhalz, Niederschlesien, weil er für die Aufnahme ins Missionshaus noch zu jung war.

Ostern 1895 wurde er in das Leipziger Missionsseminar aufgenommen und bestand im März 1901 das Abgangsexamen. Seine Ordination fand am 14. April 1901 in Stollberg statt, anschließend war er Lehrvikar in Pegnitz.

Rother wurde am 13. Oktober 1901 nach Deutschostafrika (heute Tansania) abgeordnet. Dort traf er am 1. Januar 1902 in Schigatini (heute Shigatini) ein. Gemeinsam mit Karl Luckin gründete er am 9. Februar 1904 die Station Gonja und blieb dort Stationarius bis zum Ausbruch des Ersten Weltkrieges.

Sein Sohn Rudolf kam 1905 in Madschame (heute Machame) zur Welt. Seine Tochter Charlotte wurde ein Jahr später in Gonja geboren.

1914 wurde er zum Grenzschutz durch die Schutztruppe eingezogen. Im April 1917 wurde er in Tanga interniert und dann nach Ägypten gebracht. Von dort kam Rother im November 1919 nach Deutschland zurück.

Hier trat er 1920 vikarisch in den Dienst der sächsischen Landeskirche und wurde am 1. Juli 1922 nach bestandenem Examen Pfarrer in Steinpleis.

Am 25. Oktober 1925 wurde er erneut nach Ostafrika verabschiedet und eröffnete dort am 1. Februar 1926 das Lehrerseminar in Marangu, wo er bis 1939 wirkte.

Paul Rother ist am 9. April 1956 in Leipzig verstorben.